清苑县历史悠久，据东藏村、大望亭仰韶文化遗址出土文物证明，早在6000-7000年以前，这里就有人居住。

西汉武帝元朔二年至五年，清苑县属涿郡。东汉时期，置阳城县，属中山国，后入蒲阴县。三国时，属魏河间郡。

西晋泰始元年（公元265年），置樊舆县，后改置乐乡县，属高阳国。

北魏太和元年（公元477年），属高阳郡。

北齐天保七年（公元556年），废清苑、乐乡、樊舆、北新城四县入永宁县。后改称乐乡县，隶高阳郡。

隋开皇十八年（公元598年），改乐乡县为清苑县，属河间郡。

唐武德元年（公元617年）属幽州，武德四年（公元621年）属蒲洲。贞观元年（公元725年）改属莫州。天宝元年（公元742年）属文安郡，至德二年（公元757年）还属莫州。

五代后唐初年（公元923年）设奉化军隶属苑县城，天成三年（公元928年）升奉化军为泰州，仍属清苑城。后周显德六年（公元959年）改属莫州。

宋建隆元年（公元960年），清苑治所置保塞军，寓“保卫边塞”之意，辖清苑县。太平兴国六年（公元981年），改清苑县为保塞县，升保塞军为保州。

景德年间，满城并入保塞县，徽宗改和三年（公元1113年）赐郡名曰清苑。金天会七年（公元1129年），于故城设顺天军，保州改为顺天节度使辖区，属河北东路。金大定十六年（公元1176年），改保塞郡为清苑县。大定二十八年（公元1188年），由清苑析置满城县，清苑仍属保州。

贞佑元年（公元1213年），蒙古军攻陷清苑城。贞佑二年，赐名清苑郡。

明洪武元年（公元1368年），改保定路为保定府，辖清苑县。

清朝康熙八年（公元1669年），直隶巡抚由正定移治清苑城。

民国元年，（公元1912年），撤消清苑县。

民国十七年（公元1928年），废直隶省，清苑县直隶于河北省。

民国三十六年（1937年），清苑县沦为日军统治区，1938年，中国共产党在北王力成立清苑县抗日民主政府。

民国四十三年（1944年），为集中领导抗日军民进行战略大反攻，清苑之光两县合并，初称之光县，次年改称清苑县。

民国四十七年（1948年），华北人民政府成立，清苑县隶属华北行政区冀中九专区。11月，清苑城解放，在清苑城成立保定市人民政府，以保定外市沟为界，市、县分治，清苑县人民政府迁驻中冉。

1958年10月，国务院决定撤消清苑县，唐县、望都、清苑三县合并，称唐县。

1958年12月，清苑析出唐县，成立清苑区，治所南大冉，属保定市。

1960年3月，清苑、完县、满城三区合并，称清苑县，县治满城县，仍属保定市。

1961年5月，恢复原清苑建置，治所迁回南大冉，改属保定专区。

1970年，保定专区改称保定市，仍辖清苑县。

1986年5月，清苑县划为保定市辖县至2015年4月。

2015年5月8日，民政部同意撤销清苑县设立清苑区。